В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнивший свою смертельную миссию, вынужден совершить посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтная база японской армии. Этот выбор, продиктованный нежеланием умирать, вскоре оборачивается для него встречей с настоящим ужасом. В тот же вечер на базу обрушивается атака невиданного существа – гигантского ящера, которого местные жители в страхе называют Годзиллой. Столкновение с этим древним чудовищем, пробудившимся, казалось бы, самим хаосом войны, навсегда оставляет глубокий шрам в душе Коити, став отправной точкой его личной драмы. Вернувшись в Токио, он обнаруживает, что город лежит в руинах после американских бомбардировок, а его собственная семья погибла, не оставив от дома ничего, кроме обломков и горьких воспоминаний. В этом аду, где каждый выживает как может, к нему неожиданно присоединяется незнакомая девушка, Норико, которая, как и он, потеряла всех родных, но сумела спасти во время налёта чужого младенца. Вместе эта случайно сложившаяся семья пытается выстроить новую жизнь среди пепла, находя хрупкое утешение в взаимной поддержке и заботе о ребёнке. Годы проходят, Япония медленно залечивает раны, и Коити находит работу в опасной, но необходимой команде по разминированию Токийского залива, очищая воды от неразорвавшихся боеприпасов. Кажется, что кошмары прошлого остались позади, уступив место тяжёлому, но мирному труду. Однако судьба готовит новое, куда более масштабное испытание. Во время одной из рутинных операций их хлипкое деревянное судёнышко внезапно сталкивается в тумане с чем-то невероятно огромным. Это вновь Годзилла, но теперь он претерпел ужасающую трансформацию. Монстр, ставший свидетелем и, возможно, жертвой проводимых американцами ядерных испытаний на атолле Бикини, мутировал, вобрав в себя разрушительную силу атома. Он вырос до невообразимых размеров, а его тело, словно пылающий реактор, излучает смертоносное тепло. Эта встреча знаменует начало новой эры ужаса для Японии и лично для Коити, который понимает, что чудовище, впервые увиденное им на Одо, теперь стало олицетворением самой судьбы нации, пережившей атомный кошмар. Его личная борьба за выживание и попытка обрести покой переплетаются с коллективной трагедией страны, вынужденной вновь столкнуться с абсолютным, неумолимым разрушением, на этот раз воплощённым в виде дышащего радиацией титана.